;
Chùa Diệu Pháp được xây dựng từ năm 1964, đúng vào giai đoạn giặc Mỹ leo thang chiến tranh ở miền Nam. Trong những năm gian khổ đó, cố Hòa thượng trụ trì Thích Tâm Khai đã dành phần lớn diện tích chùa để lập nơi nuôi dưỡng những chiến sĩ cách mạng hoạt động trong nội thành.
Tuy nhiên, tới năm 1968 khi chiến dịch Mậu Thân nổ ra, các cơ sở cách mạng đồng loạt vùng dậy cùng với quân chủ lực đánh vào trung tâm Sài Gòn. Chùa Diệu Pháp bị đạn pháo của giặc san bằng. Lịch sử nhà chùa ghi nhận vào thời điểm đó, nhiều chiến sĩ trú tại chùa đã hy sinh do không kịp di chuyển, toàn bộ khu chánh điện và nhà ở tại chùa bị phá hủy hoàn toàn. "Không nản lòng, Hòa thượng trụ trì cùng các nhà sư đã đi gom từng viên gạch, miếng ngói, từng bao xi măng để xây lại chùa Diệu Pháp trong bối cảnh chiến tranh đang vào giai đoạn ác liệt nhất.
Sau Đại thắng mùa xuân năm 1975, đất nước trọn niềm vui khi hai miền Nam - Bắc thống nhất. Tuy nhiên hậu quả chiến tranh để lại là vô cùng nặng nề. Rất nhiều người đã hy sinh và những người mẹ Việt Nam đã trở nên bơ vơ khi con mình không về nữa. Xót xa trước hoàn cảnh đó, Hòa thượng trụ trì chùa đã quyết định sửa chữa lại chùa Diệu Pháp và xây thêm nhà để nuôi dưỡng các cụ già không nơi nương tựa. Ngoài ra, mỗi năm chùa cũng giải quyết cho 20 sinh viên nghèo ở trọ miễn phí... Sư trụ trì – Đại Đức Thích Nguyên Pháp tâm sự: "Tuy nhiên, do hiện trạng của ngôi chùa đã xuống cấp sau chiến tranh, mỗi khi trời mưa bão, nước lớn cũng là lúc các nhà sư tại chùa không ngớt lo âu cho sức khỏe cũng như an toàn của các cụ”.
Trước thực trạng bị xuống cấp nghiêm trọng, Chùa Diệu Pháp đã nhiều lần làm đơn kiến nghị chính quyền quận Bình Thạnh và UBND TP. Hồ Chí Minh đề nghị được phép trùng tu chùa và xây mới khu chánh điện để phục vụ tín ngưỡng cho phật tử thập phương tới hành lễ. Tới năm 2008, Sở Xây dựng TP. Hồ Chí Minh đã xem xét, cấp giấy phép xây dựng số 123/GPXD cho phép chùa Diệu Pháp được xây dựng lại chùa trên nền đất cũ. Thế nhưng trong lúc việc xây dựng chùa chưa hoàn thiện thì xung quanh chùa bất ngờ mọc lên các quán nhậu hết sức ồn ào, ảnh hưởng đến hoạt động hành lễ tại nhà chùa. Đặc biệt, vào thời điểm này, công ty Đại Phúc được cấp đất xây dựng cùng vào khu lộ giới đường sông chùa Diệu Pháp khiến tổng thể kiến trúc ngôi chùa bị đảo lộn.
Trao đổi với báo Đại Đoàn Kết, Đại đức Thích Nguyên Pháp cho biết: "Khu đất hiện hữu chùa Diệu Pháp hình chữ L lật ngược, trong đó phần chiều dài lưng chữ L nằm dọc theo lộ giới sông Sài Gòn. Khi công ty Đại Phúc tiến hành hiệp thương hoán đổi phần đất nằm ngoại lộ giới đường sông nêu trên thì kiến trúc của chùa bị đảo lộn, diện tích xây nhà dưỡng lão và chánh điện buộc phải thiết kế lại bởi gần như toàn bộ diện tích đất chùa đều nằm trong lộ giới đường ven sông”.
Chưa hết khó khăn, tháng 5-2005, UBND TP. Hồ Chí Minh tiếp tục có văn bản "xác định thủy giới” quy định "Hành lang bảo vệ sông Sài Gòn tại khu vực chùa Diệu Pháp phải lui vào 20m theo đề nghị của UBND quận Bình Thạnh”. Theo tính toán của Kiến trúc sư trưởng công trình xây dựng lại chùa Diệu Pháp, với quy định nêu trên của UBND TP. Hồ Chí Minh thì tổng chiều ngang 51m của chùa sẽ mất đi 30m không được xây dựng. Còn lại 21m có thể xây dựng được thì sau khi trừ đi khoảng lùi, khoảng hở, phần diện tích mái đao đổ xuống và hai bên hành lang thì chỉ còn chưa tới 15m để xây dựng. Với diện tích quá nhỏ như vậy, khu chánh điện không còn nằm trên đường trục kiến trúc mà bị lệch sang trái khiến kiến trúc công trình bị mất cân đối.
Sư trụ trì chùa – Đại Đức Thích Nguyên Pháp đã có đơn kiến nghị các cơ quan chức năng cứu xét. Cùng với đó, Ban Tôn giáo – Dân tộc (Sở Nội Vụ TP. Hồ Chí Minh) cũng có văn bản số 1101/BTG-PG ngày 26-11-2009 đề nghị các cơ quan chức năng xem xét chiếu cố cho nhà chùa được giữ công trình. Mặc dù vậy, suốt nhiều năm kiên trì kiến nghị nhưng các văn bản trả lời đều yêu cầu việc xây dựng chùa phải tuân thủ theo văn bản quy định của UBND TP. Hồ Chí Minh. Mới đây nhất vào tháng 6-2011, chính quyền quận Bình Thạnh tiếp tục có văn bản yêu cầu ngừng thi công công trình xây dựng lại chùa Diệu Pháp (đã được Sở Xây Dựng cấp phép) do "chưa có giấy phép xây dựng” và "một phần công trình vi phạm hành lang bảo vệ sông Sài Gòn”. Sự việc khiến chùa Diệu Pháp lâm vào thế "tiến thoái lưỡng nan” vì công trình xây dựng dở dang vẫn phải "đắp chiếu” chờ đợi địa phương xem xét chiếu cố.