Theo báo cáo nhiệm kỳ 2007-2012, Viện có hai Hội đồng: Hội đồng Quản trị và Hội đồng chỉ đạo phiên dịch và ấn hành Đại tạng kinh Việt Nam; có 11 ban: Ban Biên tập tạp chí Phật học, Ban Phiên dịch Hán tạng, Ban thiền Bắc tông, Ban thiền - Phật giáo Nam tông, Ban Phật giáo Việt Nam, Ban phiên dịch Anh ngữ, Ban Phật giáo quốc tế, Ban in ấn và phát hành, Ban Bảo trợ, Ban Thư viện, Ban Phật học chuyên môn.
Nhiệm kỳ qua, hoạt động của 11 ban chuyên môn có nhiều nỗ lực trong hoạt động chuyên môn, đạt được nhiều thành tựu. Các ban thuộc Viện đã dịch thuật, hiệu đính, in ấn, phát hành nhiều kinh tạng từ kho tàng Đại tạng kinh có giá trị từ chữ Hán, Pali; xuất bản nhiều tác phẩm về thiền định Phật giáo Bắc tông, thiền Nam tông; sưu tầm, sắp xếp các tài liệu văn học Phật giáo Việt Nam, thực hiện các kỷ yếu về Hội thảo, biên khảo phong tục lễ hội, thơ họa, văn học, nghệ thuật sân khấu Phật giáo VN, biên khảo sưu tầm các văn bản kinh luận, sám văn diễn nghĩa, tham gia hoạt động nghiên cứu, hội thảo khoa học…; thành lập tủ sách Liên Hoa song ngữ Việt – Anh, các sách dịch song ngữ Phật học, sưu tập, dịch, biên soạn các đầu sách có liên quan đến lịch sử văn hóa Phật giáo các nước với Việt Nam: Hàn Quốc, Trung Quốc, Campuchia, tổ chức tọa đàm “Văn hóa Phật giáo Việt Nam với Campuchia”; in ấn, phát hành nhiều đầu sách có giá trị, thống kê kho, đánh máy lại kinh sách cũ nát có giá trị ở thư viện, thành lập website: www.thuvienphatgiao.com, số hóa sách thư viện điện tử, vận động sưu tập và ấn hành bộ “Minh Châu toàn tập”, đã biên mục được 10.200 cuốn sách với 4.500 đầu sách gồm tiếng Việt, Anh, Pháp, Nhật, Pali… hoàn tất và sử dụng mã quét cho 1.800 sinh viên Phật học…
Tại phiên họp về nhân sự, chư tôn đức thuộc các ban của VNCPHVN đã đóng góp ý kiến đề nghị: Bổ sung nhân sự của các ban, thành lập trung tâm Thiền học tại thiền viện Thường Chiếu, điều chỉnh danh xưng một số ban như Ban Thư viện thành Thư viện; nên rút số ban xuống còn 10 ban, Ban Bảo trợ thành Ban Tài chánh; nâng cấp các ban thành trung tâm để thu hút lực lượng nghiên cứu, điều chỉnh quy chế của Viện, nâng cao năng lực, hiệu quả của xuất bản, phát hành… có ý kiến đóng góp cho rằng, hoạt động của Viện trong nhiệm kỳ VII cần tăng cường lực lượng nghiên cứu, trang bị dụng cụ nghiên cứu và cần có chế độ trợ cấp tài chính thích hợp đối với các nghiên cứu viên.
Kết thúc phiên họp, HT.Thích Trí Quảng đánh giá cao tất cả những góp ý từ chư tôn đức. Hoà thượng cho biết Hội đồng quản trị sẽ tiếp thu tất cả các ý kiến đóng góp của các thành viên để bổ sung, cho các ban trong nhiệm kỳ VII (2012-2017). Dù hiện tại dụng cụ nghiên cứu ở Viện còn thiếu nhưng Hòa thượng tin tưởng với lực lượng nghiên cứu có nhiều lý tưởng cống hiến, sẽ thực hiện công tác chuyên môn mà Giáo hội giao phó. Hiện tại mỗi người đều tự trang bị cho mình một thư viện nhỏ phục vụ cho nghiên cứu của cá nhân, trước mắt mỗi nhà nghiên cứu thực hiện công việc chuyên môn theo cách nỗ lực của cá nhân. Hòa thượng cũng mong rằng, trong nhiệm kỳ VII, mỗi năm VNCPHVN cố gắng tổ chức 1 đến 2 hội thảo để tập hợp tài liệu giá trị các lĩnh vực in thành sách của Viện, nhà nghiên cứu ít nhất mỗi năm cũng nên có một công trình nghiên cứu có giá trị để đóng góp cho Viện. Hòa thượng bày tỏ lòng tin tưởng thế hệ tiếp nối sẽ chứng tỏ được năng lực tiếp nối thế hệ trước trong công tác chuyên môn để hoạt động của VNCPHVN được khởi sắc hơn trong nhiệm kỳ VII.
