Chùa được tạo dựng cách đây trên 700 năm. Năm 1301, Phật hoàng Trần Nhân Tông đã ghé thăm và cầu phước đức cho dân lành, lúc đó Hoằng Phúc có tên là Am Tri Kiến. Năm 1716, chúa Nguyễn Phúc Chu cho đặt tên chùa là Kính Thiên Tự. Năm 1821, vua Minh Mạng trong chuyến ngự giá Bắc tuần, ghé thăm chùa và cho đổi tên là Hoằng Phúc Tự, tục danh chùa Trạm hay chùa Quan.
Chùa từng là nơi nuôi dưỡng, che giấu cán bộ hoạt động cách mạng. Trong chiến tranh, chùa bị bom đạn đánh phá khiến ngôi chùa đổ nát, hư hỏng. Hiện còn nhiều hiện vật giá trị của chùa được lưu giữ như: mõ, 1 quả chuông lớn bằng đồng (nặng 80 kg, cao 1,1m, đường kính 0,5m) có tai treo chạm nổi 2 con rồng miệng ngậm ngọc cùng nhiều hoa văn tinh xảo, tượng Phật, lư hương, đế đèn, bình hoa, tòa sen, …
Mặt trong cổng tam Quan của chùa
Ngày 01 tháng 6 năm 2010, UBND tỉnh Quảng Bình đã ban hành Quyết định số 1201/QĐ-UBND xếp hạng chùa Hoằng Phúc là di tích lịch sử cấp tỉnh,Ngày 13/4/2014 huyện Lệ Thủy đã long trọng tổ chức Lễ công bố Quyết định xếp hạng di tích lịch sử cấp tỉnh và vận động quyên góp trùng tu chùa Hoằng Phúc. Theo đó, ngày 30/11/2014, công trình phục dựng, tôn tạo di tích lịch sử chùa Hoằng Phúc đã được khởi công xây dựng . Công trình do UBND tỉnh Quảng Bình chủ xướng với tổng kinh phí phục dựng, tôn tạo hơn 40 tỉ đồng. Sau khi xây dựng xong, chùa sẽ là nơi hội tụ và là điểm thu hút của các tăng ni phật tử trong và ngoài tỉnh. Dự kiến chùa Hoằng Phúc sẽ hoàn thành vào 3/2016, đúng vào dịp Phật hoàng Trần Nhân Tông ngự lãm tại chùa.
Mặt ngoài cổng tam Quan của chùa
Ngày 11/12/2014 trong lúc đơn vị thi công công trình phục dựng và tôn tạo Di tích lịch sử chùa Hoằng và tiến hành khai quật phần bệ thờ ngoài trời (chính điện) của ngôi chùa thì phát hiện nhiều pho tượng cổ nằm bên dưới nền đất. Số tượng cổ được phát hiện gồm 3 tượng cao từ 50-70 cm, nặng khoảng 40 kg; 1 tượng đồng nhỏ, cao khoảng 30 cm, nặng 2-3kg và một số vật mẫu khác. Địa điểm khai quật được 3 pho tượng cổ nói trên nằm ở dưới gốc cây si cách gian nhà thờ chính của chùa gần 10m.
Các pho tượng này đều mô phỏng hình dáng của những quan lại, văn nhân trong trang phục áo dài, đội mũ ở tư thế ngồi thiền theo kiểu nho sĩ, theo một số cụ cao niên ở thôn Thuận Trạch cho rằng, những pho tượng này do chính quyền địa phương cùng người dân đem chôn lấp, cất giấu dưới đất sau trận bão vào năm 1985 khiến ngôi chùa bị đổ sập. Hiện vẫn chưa được xác định niên đại số tượng cổ tìm thấy dưới nền đất chùa Hoằng Phúc nên những bức tượng này tạm thời được bàn giao cho UBND xã Mỹ Thuỷ cất giữ, bảo quản.
