Theo tư liệu lịch sử Phật giáo thì núi Quỳnh Viên thời Hùng Vương, đây là lãnh thổ phía
Chùa được tọa đông (Đỉnh Long Ngâm) hướng Tây, nơi đây là cảnh sơn thủy hữu tình, có tiếng sóng thoang thoảng nhưng rất tĩnh lặng của dãy núi Nam Giới hùng vĩ, lại nhộn nhịp của tàu thuyền ra vào Cửa Sót. Có Ao Tăm: Nơi Chữ Đồng Tử gặp công chúa Tiên Dung buổi đầu tiên trong một điều kiện rất hài hước và đầy huyền bí; có Miệu Bà: Là nơi tướng Lê Khôi (Thời hậu Lê – Thế kỷ XV đến XVIII) dừng chân lần cuối huyền thoại. Tất cả đều nằm trong quần thể di tích lịch sử cấp Quốc Gia: Đó là Đền thờ Đức Thánh Chiêu Trưng Đại Vương – Thượng thượng thượng Đẳng Thần. Chùa trước đây được trùng tu nhiều lần do chiến tranh phá hoại, cho nên mỗi lúc có tên gọi khác nhau: (Quỳnh Viên; Nam Sơn Điện; Chùa Nam Sơn; Quỳnh Viên Tự) ngoài cửa khe có biển ghi Đền thờ đệ nhất Thánh Mẫu Liễu Hạnh. Nhưng vào trong ta thấy cơ cấu thờ tự quy cách của chùa khá rõ ràng. Chùa thượng 3 gian thờ Tam Thế Phật (Tượng cổ), tiếp đến Đức Ngọc Hoàng, Nam Tào, Bắc Đẩu (Tả hữu); Chùa trung thờ Tam tòa Thánh Mẫu. Từ năm 2010 lại nay các chư Tăng lui tới nên đã được tôn thêm tượng Phật Chuẩn Đề và tượng Đức Phật Thích Ca cao 1,5 mét. Năm ngoái (2012) được tái tạo lại tượng Bồ Tát Quán Thế Âm, cao tổng thể 13 mét do gia đình Phật tử Triệu Quốc Trung ở Úc Châu hỷ cúng.
Với sự hướng dẫn của các chư Tăng, sự quan tâm của Giáo hội Phật Giáo Việt Nam tỉnh Hà Tĩnh, sự trực tiếp hướng dẫn của Giáo hội Phật giáo huyện Thạch Hà. Được sự quan tâm giúp đỡ của chính quyền địa phương xã Thạch Bàn cũng như chính quyền tỉnh Hà Tĩnh và huyện Thạch Hà cho phép nhà chùa làm Điện Mẫu (Nam Sơn Điện) tách riêng, khởi công ngày 26/4 năm Qúy Tỵ.
Lễ khánh thành dự kiến được tổ chức vào ngày 19 tháng 12 năm Qúy Tỵ. Đây là một điều kiện tôn nghiêm trong hệ thống linh thiêng thờ tự. Để có một quy mô phù hợp và nghiêm túc, thì hiện nay chùa cần phải cần bản thiết kế theo quy hoạch, tránh sự dời phá sau này, nhưng đó cũng chỉ là ước muốn xuất phát từ vốn đầu tư, vì Chùa nghèo. Nhưng dù sao thì Phật tử và thiện tín nơi đây cũng cố gắng để đạt được ước muốn nói trên.
Mùa xuân Giáp Ngọ, mùa hành hương về thăm các ngôi chùa đã đến gần kính mong quý vị thiện tín thập phương bớt chút thời gian đến thăm Bổn tự chúng con.
Như đoạn giữa bài thơ Khe Gát nỗi tiếng xuất xứ ở đây năm 1948, với câu thứ 34, 35 có nói: “...Đâu là Mường, đâu là Mán, đâu là Thổ, đâu là Lào
Con ơi cũng máu đào ta đó...”
Hay: Mỗi người mỗi nước mỗi non, khi về cửa Phật như con một nhà.
Kính chúc quý vị an lạc, được hưởng ánh hào quang Mười phương Chư Phật để gia đình thịnh vượng, đất nước giàu mạnh, thế giới hòa bình, chúng sinh an lạc.
A Di Đà Phật.
Một số hình về ngôi cổ tự Quỳnh Viên.
