Theo Lịch sử Việt Nam - Chương I - "Phật Giáo du nhập vào Việt Nam” – trang: 7-9 Quỳnh Viên là ngôi cổ tự gắn liền với lịch sử Phật giáo Việt Nam nói chung và Phật giáo Hà Tĩnh xa xưa nói riêng.
Dựa theo nhiều tư liệu lịch sử còn để lại đã đề cập đến người phật tử tại gia đầu tiên của Việt Nam đó là Chử Đồng Tử và Tiên Dung được nhà sư Phật quang truyền dạy giáo lý nhà Phật và cùng tu tập ở núi Long Ngâm, một ngọn của dãy núi Nam Giới (còn gọi là núi Quỳnh Viên) vùng Cửa Sót – thuộc dãi đất huyện Thạch Hà, Hà Tĩnh, là ngọn núi nổi tiếng mang nhiều giá trị văn hoá, lịch sử.
Hình tượng Đức Phật vẽ trên gỗ còn lưu giữ.
“Chử Đồng Tử là con trai của Chử Vi Vân, hai cha con nghèo và sống hiền lành, với tai họa cháy nhà chỉ còn 1 cái khố che thân, trước khi cha mất đã dặn con là hãy chôn trần cha, để cái khố lại mà mang, nhưng với tấm lòng đại hiếu Chử Đồng Tử không nỡ làm vậy, một hôm đang ở bên Khe Tăm thì thấy quan quân đến đông nên đành vào bụi lau và dùng cát đắp phủ che thân; lại kể về Tiên Dung là con Vua Hùng đời thứ 18, có 2 người con gái là Tiên Dung và Ngọc Hoa, Ngọc Hoa thì đã gã cho Sơn Tinh, còn Tiên Dung thì không chịu lấy chồng mà thích đi du ngoạn bằng đường biển, khi đến đây đã lên núi để ngắm cảnh, nhìn thấy nước trong xanh mát lành nên đã cho người hầu che màn trướng để tắm lại đúng vào chỗ Chử Đồng Tử đang trốn, với cung nữ tắm vô tư nô đùa khoát nước chảy lai láng nên cát bị trôi mà để lộ thân hình của Chử Đồng Tử.
Tiên Dung nghĩ vốn đã không thích lấy chồng, nay mình đang để lộ thân thể lại gặp chàng như thế nên cho là duyên tiền định, nên quyết định lấy chàn. Tuy vậy Chử Đồng Tử đã từ chối vì quá nghèo đâu dám sánh, nhưng Tiên Dung đã quyết một mực và nói trời đã tác hợp sao lại từ chối.
Tin về đến Vua Cha nổi giận không cho nàng hồi cung, từ đó hai vợ chồng đã buôn bán, lớn dần, sau hùn vốn với các nhà thương gia đi buôn bán nước ngoài, một hôm Chử Đồng Tử nhìn thấy có Am trên núi đã đến và gặp nhà sư Phật Quang, khi đàm đạo ngài truyền pháp, giảng giáo lý nhà Phật, Chử Đồng Tử đã ngộ và từ bỏ đi buôn, về độ cho vợ cùng tu…”
Từ sử tích và Am tranh đó mà Chùa đã được xác định từ lâu, qua nhiều giai đoạn lịch sử thăng trầm chùa được kết hợp thờ Tam tòa Thánh Mẫu; Ngọc Hoàng; Trần Hưng Đạo.v.v.nên nhân dân lại quen gọi Nam Sơn Điện trở thành một quần thể. Vào năm Mậu Thân(1968) chùa bị bom Mỹ đánh sập chỉ còn sót lại ba tấm ván vẽ hình Dức Phật, sau đó chùa được tái dựng lại vào năm Tân Hợi (1971). Đến năm Qúy Tỵ (2013) quý Phật tử đã thỉnh Chư Tăng về hướng dẫn thờ tự, nên tách điện thờ Thánh Mẫu ra riêng. Hiện nay chùa vẫn còn câu đối :
“Cao minh tế độ thập phương giác
Tuệ nhãn hoằng khai bách trọc tri”
Với mong muốn khôi phục, bảo tồn phát huy di tích văn hóa Phật giáo vốn có bề dày lịch sử, cũng như đáp ứng nhu cầu tâm linh, giáo dục đạo đức cho bà con nhân dân Phật tử tại địa phương trong thời gian tới. Trong những năm qua chùa Quỳnh Viên đã tổ chức nhiều đại lễ truyền thống quan trọng của Phật giáo nhằm thu hút Phật tử về tham dự.
Lễ cầu an năm nay được sự quang lâm chủ lễ của Đại đức Thích Tục Diệu. Được biết, trong thời gian sắp tới các khóa tu tập sẽ thường xuyên được tổ chức dưới sự hướng dẫn của Đại đức Thích Tục Diệu và quý Chư tăng.
Do nhu cầu tu học và dâng hương lễ bái tín ngưỡng của bà con thiện tín thập phương ngày càng đông. Hiện nay, bổn tự đang làm hồ sơ thủ tục xin cấp đất để quy hoạch khuôn viên và xây dựng mới cơ sở hạ tầng, cảnh quan, đây là nhu cầu chính đáng để ngôi cổ tự Quỳnh Viên xứng tầm của chính bản thể di tích, tô đẹp cho quê hương cũng như xứng tầm với quần thể Di tích đền Chiêu Trưng cấp quốc qia và cũng là xu hướng phát triển du lịch tâm linh hiện nay ở Việt Nam.
