;
Sách Từ điển di tích văn hóa Việt Nam (Hà Nội, 1993) cho biết chùa được triều đình dựng vào đầu đời Lê sơ để đón tiếp sứ giả các nước ngoài như Chiêm Thành, Vạn Tượng, Nam Chưởng... đến lễ Phật. Năm 1822, chùa được sửa sang lại làm chỗ lễ bái cho quân nhân. Năm 1827, Hòa thượng Thanh Phương ở Hà Sơn Bình đến trụ trì lo việc trùng tu, tô tượng, đúc chuông... Đệ tử của ngài là Văn Nghiêm lại cho đắp thêm 27 pho tượng. Năm 1934, Tổng hội Phật giáo Bắc Kỳ đặt trụ sở ở chùa. Chùa đã được xây dựng lại theo bản thiết kế của hai kiến trúc sư Nguyễn Ngọc Ngoạn và Nguyễn Xuân Tùng năm 1941. Chùa hiện nay đặt trụ sở Giáo hội Phật giáo Việt Nam.
Nguyên vào giữa thế kỷ 14 đời Trần Dụ Tông, ở khu vực này có nhà Công quán của triều đình dùng để đón các sứ thần của các quốc gia phía Nam, như Chiêm Thành, Vạn Tượng, Nam Chễởng... Vì các sứ thần này theo đạo Phật nên để tiện cho việc cúng tế của họ trong những ngày dài chờ đợi được tiếp kiến, giải quyết công việc... triều đình cho lập ngay cạnh Công quán một ngôi chùa. Có lẽ vì thế mà người ta gọi ngôi chùa này là chùa Quán Sứ.
Sau này Công quán bị hủy bỏ nhưng chùa vẫn được giữ lại. Năm 1822, chùa được sửa sang làm chỗ lễ bái cầu đạo cho quân nhân. Năm 1934, Hội Phật giáo Bắc Kỳ lấy chùa làm Hội quán. Năm 1942 chùa được xây dựng lại theo quy mô như ta thấy ngày nay. Năm 1958, Hội Phật giáo thống nhất Việt Nam lấy chùa làm trụ sở.
Tiền đường chùa Quán Sứ thờ Phật, hậu đường thờ quốc sư triều Lý là Thiền sư Khuông Lộ. Trong chùa, ngoài các cơ quan của Hội Phật giáo còn một thư viện lớn, lưu giữ nhiều kinh sách Phật giáo. Bên ngoài cổng chùa cũng có một cửa hàng bán kính sách, đồ thờ.
Chùa nằm ở trung tâm Thủ đô nên rất thuận tiện cho việc đi lại vãn cảnh, cúng bái của khách thập phương. Vào những ngày rằm, ngày mồng một, ngày lễ tết, đặc biệt là ngày Phật đản... các Phật tử, các thiện nam, tín nữ kéo về đây rất đông, tấp nập cả một đoạn đường Quán Sứ.
Nhiều người Việt và cả người nước ngoài đến Hà Nội dẫu có bận bịu mấy cũng gắng đến vãn cảnh thắp nhang ở chùa Quán Sứ vì trong thâm tâm họ, chưa vào Quán Sứ cũng coi như chưa đến Hà Nội.
Theo Đỗ Minh