;
Có thể nói tâm thế Trần Nhân Tông sớm hướng đến cửa Phật nhưng kể từ khi lui về làm Thái thượng hoàng thì mọi điều kiện, cơ duyên mới thật sự chuyển hóa thành hành động, việc làm cụ thể. Ðây là cả một quá trình, một sự vận động, đan xen, đổi thay, tiếp nối trong nhận thức qua nhiều năm trời. Trên thực tế, Trần Nhân Tông quyết định nhường ngôi cho Hoàng thái tử Thuyên (Trần Anh Tông) vào đầu năm Quý Tỵ (1293).
Ðến mùa thu năm sau (Giáp Ngọ, 1294), Thượng hoàng đã xuất gia ở hành cung Vũ Lâm (Ninh Bình) nhưng liền đó vẫn đích thân đi đánh dẹp phía tây và tiếp tục chỉ bảo, răn dạy vua Anh Tông. Phải đến tháng 8 năm Kỷ Hợi (1299), Thượng hoàng mới chính thức "từ phủ Thiên Trường lại xuất gia vào núi Yên Tử tu khổ hạnh", lấy đạo hiệu Hương Vân Ðại Ðầu Ðà (còn được tôn xưng Giác Hoàng Ðiều Ngự), trở thành vị tổ thứ nhất Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử... Từ đây bắt đầu một chặng đời mới với việc tu hành, viết sách, giảng kinh ở chốn non thiêng Yên Tử, vân du các nơi, sang tận Chiêm Thành cầu học đạo (chuyến đi năm Tân Sửu, 1301, từ tháng 3 đến tháng 11 mới trở về), đồng thời cùng triều đình bàn việc quốc sự, góp phần ổn định hòa bình của đất nước.
Quan trọng hơn, Trần Nhân Tông đã khơi nguồn, đặt nền móng và cũng là người thiết kế, hướng đạo, phát triển tư tưởng Phật giáo, tổ chức giáo hội, đào tạo tăng ni, phật tử. Sách Ðại Việt sử ký toàn thư cũng như Tam tổ thực lục đều chép việc Trần Nhân Tông từng mở hội Vô lượng pháp ở chùa Phổ Minh, bố thí vàng bạc tiền lụa để chẩn cấp dân nghèo trong nước và giảng kinh Giới thí... Riêng sách Tam tổ thực lục ghi chép khá kỹ lưỡng cuộc đời Trần Nhân Tông với ý nghĩa một tiểu truyện thiền sư, khởi đầu từ việc ngài sinh ra gắn với điềm lạ, cuộc đời hành đạo có nhiều công tích, để lại nhiều thơ văn và cuối cùng là cái chết thanh thản, "hóa thân", "trở về" theo đúng quan niệm "sinh ký tử quy" của Phật giáo...
Tiểu truyện về thiền sư Trần Nhân Tông cũng mang đặc tính hỗn dung thể loại, tàng trữ các giá trị thi ca, những lời đối thoại, hỏi đáp về Phật - Pháp - Tăng, về quá khứ - hiện tại - vị lai, về công án - giáo điển, về nhân quả - hóa thân... Sách này cũng mô tả chi tiết những sự kiện diễn ra trong suốt tháng cuối cùng, lập danh sách bốn tác phẩm của Ðiều Ngự còn truyền lại. Ðồng thời sách tiếp tục giới thiệu việc Ðiều Ngự mở ba giới đàn ở chùa Chân Giáo trong đại nội, chùa Báo Ân ở Siêu Loại, chùa Phổ Minh ở Thiên Trường và tổng kết quá trình đào tạo tăng ni: "Các đệ tử nối dòng pháp đã liệt kê đầy đủ nơi bản đồ trong Tuệ Trung Thượng sĩ ngữ lục, còn những người được Ðiều Ngự dẫn dắt, âm thầm khế hợp với tông chỉ thì không kể hết"...
Sau Trần Nhân Tông, các vị đệ nhị tổ Pháp Loa, tam tổ Huyền Quang đã nối tiếp truyền thừa, mở rộng thiền phái Trúc Lâm Yên Tử. Từ miền non thiêng Yên Tử, tinh thần Trúc Lâm đã khởi phát và lan tỏa khắp trong nam ngoài bắc, đến nay vẫn phát huy ảnh hưởng và tạo lập nhiều Thiền viện mới ở nhiều nước trên thế giới. Vào những năm đầu thế kỷ XXI này, chúng ta lại có dịp bàn luận và chứng kiến sự phục hưng của tinh thần Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử, sự hội nhập và phát triển truyền thống văn hóa Phật giáo Ðại Việt - Việt Nam qua suốt ngàn năm lịch sử.
Trên phương diện sáng tác, Trần Nhân Tông còn để lại nhiều tác phẩm in đậm tư tưởng Phật giáo, khơi nguồn cảm hứng đề vịnh cảnh chùa đất Phật, ngợi ca công tích bậc cao tăng như Tán Tuệ Trung Thượng sĩ (Ca ngợi Thượng sĩ Tuệ Trung) và trực tiếp viết tiểu truyện về sư thầy với tác phẩm Thượng sĩ hành trạng (Hành trạng của thượng sĩ Tuệ Trung)...
Tuy nhiên, những tác phẩm căn cốt thể hiện sâu sắc tư tưởng Phật giáo của Trần Nhân Tông chính là những trang viết bày tỏ trực tiếp quan niệm của tác giả. Bàn về mối quan hệ hữu - vô, Trần Nhân Tông mở đầu cho chín khổ thơ đều bằng câu Hữu cú vô cũ (Câu hữu câu vô) và đi đến đoạn kết với ý tưởng phá chấp, dứt trừ phân chia vọng niệm, đạt tới cảnh giới vô phân biệt: Tiệt đoạn cát đằng - Bỉ thử khoái hoạt (Cắt đứt mọi duyên như dây leo - Thì hữu và vô đều thông suốt). Có thể nói tinh thần nhập thế và con đường tu hành coi trọng quyền sống con người, khả năng dung hòa giữa đạo và đời, đề cao các giá trị nhân văn và tư tưởng Cư trần lạc đạo thả tùy duyên (Sống giữa cõi phàm trần, hãy tùy duyên mà vui với đạo) đã tạo nên sức sống trường tồn cho Phật giáo dân tộc. Chính tinh thần nhập thế, tùy duyên, tùy tục đã xác lập cốt cách Trần Nhân Tông và mẫu hình hoàng đế - thiền sư (và đồng thời: một thiền sư - hoàng đế), góp phần xác lập minh triết khoan dung và bản sắc văn hóa thời đại nhà Trần, nhấn mạnh khả năng dung hợp, dung hòa mối quan hệ giữa đạo và đời...
Chiếu ứng với các bài thơ hướng về cảm quan Phật giáo, Trần Nhân Tông vẫn thể hiện được tiếng nói trữ tình và âm hưởng cuộc đời trần thế. Trên tất cả, Trần Nhân Tông luôn biểu lộ tư chất con người nghệ sĩ, luôn phát hiện giá trị cái đẹp trong thế giới thực tại, cả trong các suy tưởng triết học Phật giáo cũng như cuộc sống đời thường. Xin nhấn mạnh thêm, vị thế hoàng đế và cảm quan Phật giáo không đối nghịch với cuộc sống mà thực chất chỉ là những cách nhìn nhận, hình dung khác nhau về thực tại. Hơn thế nữa, hồn thơ Trần Nhân Tông không quá khuôn thước, giáo điều trong tín niệm của một con nhang đệ tử, càng chưa bị Nho giáo hóa theo lối "khắc kỷ phục lễ". Vì thế tinh thần Phật giáo thấm đậm trong sáng tác được ông chiêm nghiệm, kết tinh từ cuộc đời, tạo nên một cách quan niệm, hình dung về kiếp người và cõi đời nương theo tinh thần nhà Phật...
Trong lịch sử dân tộc, triều đại nhà Trần (1225 - 1400) nổi lên như là một hiện tượng độc đáo gắn với sự kiện các hoàng đế đều lui về hậu trường làm Thái thượng hoàng, đều trở thành thiền sư và người ham chuộng Phật giáo, đồng thời cũng là những thi nhân nổi tiếng. Ðây là mẫu hình tác gia độc đáo dựa trên nền tảng căn rễ cơ sở văn hóa thời đại Lý - Trần và không lặp lại. Trong số đó, danh nhân văn hóa Trần Nhân Tông chính là mẫu hình tác gia Hoàng đế - Thiền sư - Thi sĩ tiêu biểu cho cả một thời đại huy hoàng. Trải qua sự chuẩn bị từ Trần Thái Tông, Trần Thánh Tông, Trần Tung, phải đến Trần Nhân Tông mới hội đủ điều kiện để định hình Thiền phái Trúc Lâm Yên Tử nội sinh trong nền văn hóa và Phật giáo dân tộc.