;
Nội dung Quyết định căn cứ nhiều điều, khoản trong Hiến chương Giáo hội, Nội quy Ban tăng sự, Nghị định của Chính phủ, Pháp lệnh Tín ngưỡng tôn giáo và những vi phạm để "kết tội" Đại đức Thích Quảng Ngộ. Phóng viên đã điều tra, xác minh những nội dung phản ánh của trụ trì chùa Thanh Lương. Qua xem xét các căn cứ để Thường trực Ban Trị sự Phật giáo tỉnh Phú Yên ban hành Quyết định không mang tính khách quan, dẫn đến khiếu kiện gây bức xúc trong dư luận xã hội. Bởi Quyết định dựa trên mấy việc quy tội danh chính của Đại đức Thích Quảng Ngộ như sau:
Trụ trì chùa Thanh Lương tự tôn mình lên làm Hòa thượng qua ngòi bút của phóng viên Lê Ngọc Minh, đăng trên Tạp chí Đương thời? Qua xác minh, Đại đức Thích Quảng Ngộ về chùa Thanh Lương từ năm 2003 và nhận quyết định bổ nhiệm trụ trì năm 2005, người dân địa phương và các cấp chính quyền ở đây cho biết chưa bao giờ thấy Đại đức Thích Quảng Ngộ tự xưng danh là Hòa thượng. Các văn bản, giấy mời, thông báo của chùa đều kí tên là Đại đức Thích Quảng Ngộ.
Việc phóng viên viết bài giới thiệu về chùa Thanh Lương trong đó có ghi trụ trì chùa Thanh Lương là Hòa thượng Thích Quảng Ngộ là sự nhầm lẫn của tác giả, không liên quan gì đến cá nhân thầy trụ trì. Thầy trụ trì có cung cấp một số thông tin liên quan về lịch sử của chùa, nguồn gốc, cơ duyên của tượng Phật Quan Âm đến với chùa chứ thầy không danh xưng. Tác giả Lê Ngọc Minh viết trong bài báo một lần nêu là “Hòa thượng Thích Quảng Ngộ trụ trì chùa Thanh Lương”. Như vậy là do tác giả không nắm được quy định về giáo phẩm; cứ nghĩ nhà sư nam là “Hòa thượng”. Bài báo này viết về chùa Thanh Lương, về tượng Phật Quan Âm, chứ không phải viết về cá nhân người trụ trì.
[Đọc cái Quyết định thu hồi quyết định bổ nhiệm trụ trì chùa Thanh Lương của ĐĐ Thích Quảng Ngộ của BTSPGPY mà cảm thấy muốn lên cơn sốt rét, cứ như thể là BTS muốn "thay Trời hành Đạo" (nghĩa là thay chính quyền giải quyết vụ việc liên quan đến luật pháp nhà nước) vậy. Trích dẫn hàng lô bộ luật nhà nước để "hù" thiên hạ, nhưng thực chất là phô ra cho thiên hạ thấy cái sự "mù" của mình về luật pháp nhà nước và về văn bản hành chính giáo hội. - Ảnh& bình luận: CPLO]
Trong lĩnh vực xây dựng và quản lí đất đai, từ năm 2006, thầy Quảng Ngộ có vi phạm, nhưng chính quyền đã nhắc nhở và cảnh cáo, xử phạt 200.000 đồng. Từ năm 2006 đến nay thầy Quảng Ngộ đã khắc phục và theo pháp luật quy định xử phạt hành chính hiện hành thì thầy không tái phạm. Hơn nữa việc vi phạm này là vi phạm về hành chính; không có động cơ trục lợi cá nhân.
Năm 2007, cháu Phạm Thị Hàn khoảng 20 tuổi, trú tại thôn Mỹ Quang Nam, xã An Chấn, huyện Tuy An, bị bệnh tâm thần bẩm sinh, có đến chùa nhặt củi, các cụ già làm công quả ở chùa không cho nhặt. Cháu không nghe, ngang bướng, xảy ra xô đẩy nhẹ giữa cháu Hàn và hai Phật tử cao tuổi của chùa Thanh Lương, thầy khuyên bảo nhưng cháu không nghe, còn hung hăng xé rách áo thầy. Thầy lấy roi tre đánh cháu hai roi, sự việc chỉ có vậy. Người nhà cháu Hàn có báo cáo việc này cho UBND xã An Chấn. UBND xã mời bên người nhà cháu Hàn và đại diện chùa Thanh Lương đến. Tại buổi làm việc, với tư cách trụ trì chùa Thanh Lương, thầy xin lỗi người nhà cháu Hàn vì những chuyện đã xảy ra. Đại diện gia đình cháu Hàn đề nghị chùa hỗ trợ số tiền 150.000 đồng để gia đình lo thuốc men trị bệnh tâm thần cho cháu (chứ không phải điều trị vết thương, vì cháu Hàn không có thương tích gì), không phải là tiền phạt. Hai bên thống nhất hòa giải. UBND xã An Chấn chứng kiến, không lập biên bản, bởi đây là việc rất nhỏ. Sau đó hai năm, cháu Hàn trong một lần hái rau tại gành Ông ngã xuống vực đá chết. Cái chết của cháu Hàn không liên quan đến chùa Thanh Lương. Vậy mà Quyết định số 131, Ban Trị sự Phật giáo tỉnh Phú Yên lại nêu “với hành động côn đồ, Đại đức Thích Quảng Ngộ đánh Phạm Thị Hàn. Nay đã chết...”. Việc quy kết này là sai sự thật, vì gia đình cháu Hàn đã viết giấy xác nhận cho chùa, cháu Hàn mất là do té ngã.
Việc Thường trực Ban Trị sự Phật giáo tỉnh Phú Yên quyết định thu hồi Quyết định bổ nhiệm trụ trì (bổ nhiệm trụ trì trong thời hạn 5 năm) đối với Đại đức trụ trì chùa Thanh Lương là không đúng luật pháp, luật đạo; không đúng Nội quy Ban tăng sự Trung ương Giáo hội Phật giáo Việt Nam và Pháp lệnh Tín ngưỡng tôn giáo… cần phải được hủy bỏ nhằm bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp và uy tín, tinh thần, cuộc sống tu hành của Đại đức Thích Quảng Ngộ, để có điều kiện hoàn thiện công trình xây dựng ngôi chánh điện mà chùa Thanh Lương đang thi công.
Theo Điều tra của Thế Bôn - Báo Người cao tuổi